Изборът на подходящ магнитен сепаратор изисква разглеждане на множество фактори, включително свойства на материала, капацитет за обработка, точност на разделяне и работна среда. Например за фино-зърнести магнитни материали трябва да се избере магнитен сепаратор с висока сила на магнитното поле и голям градиент; за приложения с големи обеми на обработка трябва да се избере компактна структура и висок капацитет на обработка.
Поддръжката на магнитния сепаратор е също толкова важна. Редовното почистване на отломки и прах вътре в сепаратора, проверка на силата и равномерността на магнитното поле и навременната подмяна на износените части са ключови за осигуряване на дългосрочна-стабилна работа на магнитния сепаратор.
